Logo
Cover

Метод, разработанный швейцарскими специалистами, работает по принципу штрихового кодирования и обходится в 25 раз дешевле современных технологий секвенирования РНК.

Секвенирование РНК — технология анализа всего генома посредством изучения экспрессии генов. На сегодня она считается обычным инструментом генетики, однако эта процедура все еще остается дорогой и долгой, поскольку требует подготовки ДНК-библиотеки из РНК клеток, пишет EurekAlert.

Ряд новых методик предлагают «штрихкодирование» образцов или «мультиплексирование»: отдельные участки «штрих-кода» добавляются к каждому фрагменту ДНК на этапе подготовки библиотеки, так что каждый из них может быть идентифицирован и рассортирован до анализа финальных данных. Такой подход требует только одной библиотеки, которая содержит несколько образцов или клеток.

Штрихкодирование сокращает затраты средств и времени и может применяться для секвенирования большого количества образцов. Но попытки адаптировать и утвердить протоколы для надежного и дешевого анализа РНК часто сталкиваются с трудностями.

Ученые из лаборатории Швейцарской высшей технической школы Лозанны разработали новую технологию массового штрихкодирования и секвенирования РНК (BRB-seq).

Среди ее преимуществ — скорость работы и надежность. Она позволяет выполнять транскриптомику сотен образцов РНК.

Исследователи утверждают, что сохранили ту же производительность при стоимости процедуры в разы дешевле. BRB-seq обнаруживает то же число генов, что и TruSeq Stranded mRNA — «золотой стандарт» в этой области. И при этом дает надежные данные, даже если образцы РНК оказываются низкого качества. Во время испытаний BRB-seq сгенерировала готовую для использования библиотеку за два часа.

Технологию секвенирования белка как ДНК разработали в прошлом году в США. Она позволит раскроет полную информацию о функциях десятков тысяч белков, играющих важную роль в функционировании организма.