В отличие от предшествующих версий, AlphaFold3 может моделировать белки в сочетании с биомолекулами. Еще одно отличие от модели второго поколения заключалось в том, что, открыв доступ к модели через свой сайт, DeepMind ограничила для пользователей количество и тип предсказаний. Важнее всего, что AlphaFold3 не позволял ученым прогнозировать поведение белков в присутствии потенциальных лекарственных препаратов.
Тогда компания объяснила свое неожиданное решение соображениями соблюдения баланса между благом для научного сообщества и защитой коммерческих интересов своего дочернего предприятия Isomorphic Labs, которое занимается разработкой медикаментов. Со стороны ученых в адрес компании посыпались обвинения в нарушении принципа воспроизводимости результатов. DeepMind быстро сменила курс и пообещала за полгода выпустить открытую версию.
Как мы видим, обещание выполнено, и теперь каждый желающий может скачать программный код AlphaFold3 и использовать его в некоммерческих целях. Правда, пока только сотрудники научных учреждений имеют доступ к показателю веса модели.
Открытая с самого начала модель AlphaFold2 привела к появлению потока инноваций в научной сфере, пишет Nature. К примеру, ее использовали победители недавнего конкурса на разработку белков при помощи ИИ. А недавняя работа ученых из Австрии позволила раскрыть важные подробности процесса оплодотворения, которые могут объяснить причины бесплодия.
Около года назад ученые использовали AlphaFold, чтобы идентифицировать сотни тысяч новых психоделических молекул, которые могут помочь в разработке новых видов антидепрессантов.