Во время вспышки COVID-19 в Ухане Ши руководила исследованиями коронавирусов в Уханьском институте вирусологии — лаборатории с высоким уровнем биологической безопасности. Вскоре после этого появились теории о том, что вирус просочился из института либо случайно, либо преднамеренно. Ши неоднократно говорила, что SARS-CoV-2 никогда не не изучался в ее лаборатории. Но многие эксперты указывали на возможность связи COVID-19 с коронавирусами летучих мышей, собранными исследовательской группой Ши. Исследовательница пообещала секвенировать геномы коронавирусов и опубликовать данные.
Последний анализ, который пока не был рецензирован, включает данные из полных геномов 56 новых бетакоронавирусов — широкой группы, к которой принадлежит SARS-CoV-2, а также некоторые фрагментарные последовательности. Все вирусы были собраны в период с 2004 по 2021 год. Никаких новых последовательностей, которые были бы более тесно связаны с SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2 не было обнаружено, сообщила Ши 4 декабря.
Как отмечает эволюционный биолог из Эдинбургского университета Джонатан Пекар, новый анализ подтверждает, что в коллекции Уханьского института вирусологии не обнаружено вирусов летучих мышей, генетически более близких к SARS-CoV-2, чем те, что уже были описаны ранее.
Это подтверждает слова Ши о том, что в ее лаборатории не было вирусов, способных стать прямым предком SARS-CoV-2.
Ближайшие родственники вируса, вызывающего COVID-19, были найдены у летучих мышей в Лаосе и Юньнани на юге Китая. Тем не менее, эти вирусы и SARS-CoV-2 разделились с общим предком много лет назад.
На протяжении десятилетий Ши сотрудничала с Питером Дашаком, президентом EcoHealth Alliance, некоммерческой организации из Нью-Йорка, для исследования коронавирусов у летучих мышей на юге Китая и анализа их потенциальной угрозы для человека. Работы финансировались Национальными институтами здоровья США и Агентством США по международному развитию. Однако в мае этого года правительство приостановило федеральное финансирование EcoHealth, сославшись на недостаточный контроль организации за исследовательской деятельностью в Уханьском институте вирусологии. Эти исследования включали модификацию коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом (SARS), для изучения возможных путей его возникновения у летучих мышей.
За годы сотрудничества Ши и Дашак собрали более 15 000 проб от летучих мышей в регионе. Команда проверила их на наличие коронавирусов и повторно секвенировала геномы положительных образцов. Коллекция расширяет известное разнообразие коронавирусов.
Более широкий анализ 233 геномов коронавирусов, проведенный Ши и ее коллегами, выявил семь основных генетических линий и частую рекомбинацию между ними — обмен фрагментами РНК. Это исследование поможет оценить риск передачи вирусов людям и разработать новые методы лечения. По словам Дашака, команда столкнулась с задержками в процессе отправки работы на рецензирование из-за сокращения финансирования, трудностей в работе в разных регионах и нескольких расследований деятельности EcoHealth, проводимых правительством США. Однако исследователи планируют подать анализ в журнал в ближайшее время. Ранее американские конгрессмены привели доказательства, что COVID-19 был создан в лабораторных условиях.
